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  • 全转录组前沿分析亮点

    新技术/新思路

    Nanopore DNA测序

    当前全基因组范围的5mC研究技术主要是WGBS、RRBS、芯片、DNA甲基化免疫共沉淀MeDip技术,当前全基因组范围的6mA的主要研究技术是PacBio SMRT、MeDip-seq、miClip技术。而Nanopore三代单分子纳米孔测序可以同时检测全基因组范围单碱基的5mC和6mA修饰位点,并给出单碱基的甲基化水平!

    这套甲基化数据不仅能研究DNA甲基化还能研究结构变异??!它不仅克服了二代技术的短片段仅能测到部分断点的技术壁垒,还化解了重复序列变异难以研究的尴尬!

    Hi-C & ATAC-seq?

    Hi-C是染色质构象捕获技术结合高通量测序衍生的一种技术,实现了全基因组范围内的染色体片段间的相互作用的捕获,可以揭示染色体片段间的交互作用,阐述染色体三维结构。

    ATAC-seq作为在全基因组上处于开放状态的染色质区域的技术,可以进一步定位核小体及相关调控元件,获得与特定蛋白(如转录因子、CTCF)结合的位点,而TAD边界、loop上常?;崮技家蜃?、结构蛋白,Hi-C与ATAC-seq两种技术联合,可以从表观遗传网络来阐述疾病发生发展的相关机制。

    全转录组新内容

    全转录组是指细胞所能转录出来的所有类型RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。而我们常说的全转录组测序则通常是包含lncRNA、circRNA、miRNA以及mRNA的测序。大家一般都先筛筛每种RNA的差异,对于基因能直接做个功能富集分析看看差异基因的功能,对于非编码RNA呢就是找到对应的靶基因或来源基因然后研究这些非编码RNA的功能。每种RNA单独分析后,把所有RNA整合在一起进行个联合分析,把各种RNA的结果整合在一起,做个ceRNA,共表达分析之类。

    所谓的高级分析,所谓的定制化内容,百迈客都想当成常规分析内容,一次性解决您所有可能的问题!同时在微信公众号中细述分析原理以及能解决的生物学问题,让您知其然,知其所以然!

    GSEA

    无需做差异分析,直接拿所有基因的表达量即可找到实验组和对照组有一致性差异的感兴趣的通路。

    WGCNA

    通过样品的基因表达水平,鉴定表达模式相似的基因集合(即???,module),解析??橛胙繁硇椭涞牧?,绘制??橹谢蛑涞牡骺赝绮⒓ü丶骺鼗?。

    ceRNA分析

    竞争性内源RNA(ceRNA)是近几年来的研究热点,是一种全新的转录调控模式。这些ceRNA能够通过miRNA应答元件(microRNA Response Element, MRE)竞争性地结合相同的miRNA来调节彼此的表达水平。ceRNA假说揭示了一种RNA间相互作用的新机制。ceRNA可以通过竞争性的结合miRNA来调控彼此的表达,如:miRNA可以导致基因沉默,而lncRNA竞争性结合了miRNA,从而影响了miRNA导致基因沉默这一功能。这里,mRNA、lncRNA、circRNA等均可作为ceRNA。不做ceRNA的全转录组那算不得全转录组!

    整合通路分析

    分析时发现差异表达基因或者感兴趣的基因富集的通路太多,看通路图可以获取每个通路中基因的调控关系,然而这一个基因在多个通路中的调控关系看起来太麻烦了!而整合的通路网络分析,可以让您一目了然观看您感兴趣的基因在您感兴趣通路中的调控机制。

    KEGG整合通路网络图

    一份报告

    一份报告,所有内容,全方位解读,清晰明了!

    TF结合位点

    根据转录因子(TF)的motif寻找靶向基因启动子区的结合位点(TFBS)。

    TFBS序列特征图

    TF活性与共调控网络

    根据转录因子和基因的表达模式,推测基因和转录因子间的靶向关系,以及转录因子在不同样品中的活性。

    转录因子在不同样品中的转录活性

    转录因子共调控网络图

    差异可变剪切

    通过rMATS统计模型对不同样本(不同差异分组内)进行可变剪切事件的表达定量。

    差异可变剪接类型

    如果您对上述新老研究内容感兴趣,或者对于全转录组内容有自己的看法或者疑惑都可以点击下方按钮咨询我们,我们将给您详细的解答。

    做项目,有优惠

     

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