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  • 手机快乐三张牌:LncRNA测序

    产品介绍

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    长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。利用新一代高通量测序技术进行lncRNA测序,并结合生物信息学的预测工具进行lncRNA分析,有助于科研工作者更快发现那些具有重要调控功能的lncRNA,分析其与特定生物学过程的关系。该方法可以更加高效地获取lncRNA序列以及位置信息,且突破了常规lncRNA芯片检测技术的使用范围限制,还可对新的lncRNA进行预测及功能分析,极大促进lncRNA的深入研究。

    结果展示

    lncRNA预测

    lncRNA的预测包含基本筛选和潜在编码能力筛选两部分。百迈客综合目前应用最广泛的编码潜能分析方法对候选lncRNA进行进一步的筛选,主要包括:CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白结构域分析四种方法。为直观展示分析结果,将4种分析软件鉴定得到的noncding transcripts进行统计,做维恩图。同时对以上4种分析结果取交集,用于后续lncRNA分析。

    lncrna-2-400400
    lncrna-3

    lncRNA分类

    经过四种软件预测筛选后,对最终得到lncRNA种类及占比情况进行统计,包括:lincRNA、anti-sense_lncRNA、intronic_lncRNA、sense_lncRNA。

    差异表达LncRNA聚类分析

    聚类分析用于判断差异基因在不同实验条件下的表达模式,可通过将表达模式相同或相近的LncRNA聚集成类,从而识别LncRNA的功能,同类LncRNA可能具有相似的功能或共同参与同一代谢过程。对筛选出的差异表达lncRNA做层次聚类分析,将具有相同或相似表达行为的lncRNA进行聚类。

    lncrna-4-400400
    lncrna-5-400400

    差异表达LncRNA染色体分布

    基因在染色体上的位置关系同基因行使的功能有着重要的关系,文献中有报道一部分lncRNA有潜在的启动子功能,对其邻近的基因具有调控功能,因此我们对差异表达lncRNA和mRNA序列在染色体分布做出分析。

    LncRNA有哪些主要功能?

    答:LncRNA的主要功能有:干扰下游基因的表达;干扰mRNA的剪切,形成不同的剪切形式;与编码蛋白基因的转录本形成互补双链,在Dicer酶的作用下产生内源性siRNA;作为小分子RNA(如miRNA、piRNA)的前体分子。

    如何进行LncRNA的预测?

    答:lncRNA的预测包含基本筛选和潜在编码能力筛选两部分。

    (1)筛选长度≥200bp,Exon个数≥2,FPKM≥0.1的转录本序列进行后续编码潜能预测;

    (2) 应用主流的CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白结构域分析四种方法对基本筛选获得的转录本进行编码潜能预测,保留不具编码潜能的转录本序列,四种方法取交集即为最后预测出的LncRNA。

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